phina.jsのColorクラスにあるα値をいじれば透明になると思っていたのですが、それよりもっといい方法があったのでメモします。
backgroundColorが透明なオブジェクトの値をconsole.logで表示してみると「transparent」となっていました。
そのため、backgroundColorでもfillと同じように
変数名.backgroundColor = 'transparent';
としてあげると、透明にできます。
こちらの記事では塗りつぶしを透明にするのにtransparentを使っています。
どちらをつかってもよさそうです。